התקופה הראשונה של האוטונומיה הרותנית ארכה קצת פחות מחודש – בין ה-08.10.1938 ל-2.11.1938 – התאפיינה באוריינטציה כלפי הונגריה. אולם, לאחר הסיפוח הדרום-מערבי של החבל להונגריה, האוטונומיה המצומצמת לבשה אופי רותני-אוקראיני מובהק, ובירתה נקבעה בעיירה חוסט (Huszt).
ב-13.03.1939, ערב נסיגת הצ'כים מהחבל, הכריזו הרותנים על עצמאות מלאה – וזו החזיקה מעמד כיממה, עד שדוכאה באכזריות על-ידי הצבא ההונגרי, שכבש את שאר החבל למחרת אותו יום. עם הקמת האוטונומיה, ראש הממשלה האוטונומית (לאחר צמצומה), הכומר אוגוסטין וולושין (Vološin), זכה לברכות מגרמניה הנאצית ומיהר להקים מיליציה חמושה, שכונתה סיץ' (Sich). מטרת המיליציה הייתה לזרז את האוקראיניזציה של החבל ורוב אנשיה, שחלקם באו מגליציה הסמוכה ומאוקראינה – נודעו באנטישמיות ובלאומנות שלהם.
תקופת האוטונומיה מוזכרת בכמה מהעדויות של יהודים מחוסט – ברוב המוחלט של המקרים בנוגע לימים שלפני הכיבוש ההונגרי. בכל המקרים מודגש העדר השלטון המסודר, האנטישמיות של הלאומנים הרותנים-אוקראינים, ההתפרעויות השונות של הסיץ' ומה שנתפס תחילה כ"שחרור" ההונגרי.
ב-28.12.1938 קיבלה משלחת יהודית הבטחה מוולושין לשמירת המצב הקיים מבחינת היהודים. העדר העדויות בנוגע לטיב החיים היהודיים בחבל בתקופה זו (מלבד בימיה האחרונים) אינו מאפשר לדעת עד כמה התחייבות זו מולאה, אם בכלל. אולם, מכיוון שהחבל נשאר תחת ריבונות צ'כית ומכיוון שהצבא הצ'כי היה נוכח בו לאורך כל התקופה, ברוב המקרים היהודים זכו להגנה פיסית מספקת. מבחינה כלכלית, בכל העדויות מוזכרות הגזירות הכלכליות של השלטון ההונגרי ולכן, גם בתחום זה רוב היהודים לא נפגעו עדיין באופן משמעותי בתקופה זו. עם זאת, היו מקרים מסוימים, שבהם כן נפגעו יהודים, בעיקר אלו אשר גורשו מאזור האוטונומיה הרותנית-אוקראינית להונגריה, או ההפך. רבים מהם נאלצו לשהות פרקי זמן ארוכים באזורי גבול ובתנאים אנושיים קשים מאוד, שכן לא הורשו להיכנס למקום שאליו גורשו.
בשטח האוטונומיה הרותנית-אוקראינית, בניגוד לחלקי החבל, שנכבשו על-ידי ההונגרים, נמשכה הפעילות הציונית החוקית, ככל הנראה, באופן מוגבל. תנועת "החלוץ הצעיר" החליטה להעביר את המרכז שלה בחבל ממונקץ' (Munkács), שסופחה להונגריה, לחוסט בתחילת נובמבר 1938 והוציאה ב-29.11.1938 חוזר מחוסט ובו קריאה להמשך הפעילות. חוזר נוסף מה-01.12.1938 דן גם באפשרות ליציאה להכשרות, ביצוע סמינרים וטיפול במועדוני התנועה ברחבי החבל. אין בעדויות אזכור של הפעילות הציונית בתקופה זו, אך מתקבל על הדעת שהאירועים הפוליטיים – סיפוח חבל הסודטים לגרמניה הנאצית, הכרזת האוטונומיה הסלובקית ב- 07.10.1938 וחלוקת קרפטורוס בין הונגריה לאוטונומיה הרותנית-אוקראינית – הקשו מאוד על הפעילות הציונית, שנותקה מהמרכזים בפראג (Praha) ובבודפשט (Budapest). גם מרכזי ההכשרה החלוצית, שרובם היו בצ'כיה וסלובקיה – פורקו וחבריהם נאלצו לחזור לבתיהם. מדו"ח של ישיבת מרכז "החלוץ הצעיר" בחוסט מ-02.02.1939 מסתבר, שהיה תכנון להקים שתי פלוגות הכשרה באזור החבל, שהיה עדיין תחת ריבונות צ'כית. הכיבוש ההונגרי שם קץ לתכניות אלה.
מהעדויות עולה, שאנשי הסיץ' תכננו פרעות ביהודי חוסט והכינו רשימה של יהודים, בעיקר עשירים, שאותם תכננו להרוג ולשדוד את רכושם. עדים רבים מזכירים את התהלוכות של אנשי הסיץ' בעיירה, אך אין בהן עדות לאלימות פיסית של ממש בתקופה שלפני הימים האחרונים של האוטונומיה הרותנית. ככל הנראה, וולושין הושפע לא מעט מגורמים מתונים סביבו ולא אפשר ליסודות הקיצוניים ביותר לבוא לידי ביטוי משמעותי. ייתכן אף שדחה לחץ גרמני לנקוט אמצעים כנגד היהודים בתחומי האוטונומיה ותרם להפסקת הגירושים ההדדיים בין השטח האוטונומי לשטח ההונגרי.
ימיה האחרונים של האוטונומיה הרותנית היו מגואלים בדם והיוו מעין אות מקדים מבשר רע לעתיד. נסיגת הצ'כים מהחבל התרחשה באופן די מבוהל ונוצלה על-ידי הרותנים להכרזת עצמאות מלאה. מבחינת היהודים היו, ככל הנראה, כוונות להוציא לפועל את תכניות הפוגרומים ושוד הרכוש. אולם, תוכניות אלה באו אל קצן עם שאר תקוות העצמאות הרותניות-אוקראיניות בחבל במרחץ דמים, שביצעו הכובשים ההונגרים באנשי הסיץ'. כאמור, ימים אלו מתוארים בכמה מהעדויות והמקורות. ככל הנראה, בתחילת מרס 1939 פרצו קרבות בין אנשי הסיץ' לצבא הצ'כי בכמה מקומות בחוסט. כנראה שבשל הנסיגה הצ'כית מהחבל, הרותנים הצליחו להשתלט על העיירה למשך ימים ספורים, ובימים אלה של אמצע חודש מרס הגיעה ההשתוללות של אנשי הסיץ' לשיאה, גם כלפי היהודים.
אין בעדויות התייחסות מפורשת באשר להתנהגות של האוכלוסייה הרותנית ה"רגילה" בכל תקופת האוטונומיה, ואף לא, בפרט, בימי האוטונומיה האחרונים. סביר מאוד להניח, שהרותנים – לפחות בעלי הנטייה הלאומית האוקראינית – שמחו על ההתפתחות החיובית בקשר לשאיפות הלאומיות שלהם וקיוו לעצמאות מלאה. לא מן הנמנע שרבים מהם לא הביעו עניין מיוחד בקשר למצוקת שכניהם היהודים, מי בשל אנטישמיות, שצמחה, בעיקר, בתקופת השלטון הצ'כי, ומי בשל אדישות או אגואיזם. עם זאת, מתקבל על הדעת, שהיו גם כאלה, שהיו רגישים למצבם של היהודים ואף הושיטו להם סיוע עזרה.
כיבוש החבל על-ידי הצבא ההונגרי באמצע חודש מרס לא עלה בקנה אחד עם השאיפות הלאומית של הרותנים והם החליטו להילחם גם בצבא ההונגרי – בניסיון נואש לעמוד על תקוותם לעצמאות. ניסיון זה אכן היה נואש ונגמר בטבח, שביצעו החיילים ההונגרים באנשי הסיץ'. טבח זה זכה לתיאורים די נרחבים אצל העדים היהודים, ודבר זה מעיד, שהכיבוש ההונגרי נתפס בעיני היהודים כשחרור מסכנות האוטונומיה הרותנית-אוקראינית. בחלק מהעדויות אף מתוארת באופן די מפורט קבלת הפנים, שלה זכו ההונגרים מאנשי העיירה בחוסט, ובכללם היהודים. אף אחד מהם עוד לא תיאר לעצמו, שהכיבוש ההונגרי החדש-ישן טמן בחובו את אחד הפרקים האפלים ביותר של יהודי קרפטורוס, ולמעשה, את תחילתה של מסכת ייסורים ארוכה, שהגיעה לסופה עם חורבנן של הקהילות היהודיות בחבל תחת הכיבוש הגרמני.