חלק נכבד מההוצאה לפועל של הפעילות האנטי-יהודית בקרפטורוס הופקדה בידי הז'נדרמריה ההונגרית (csendőrség).
על-פי החלוקה האדמיניסטרטיבית של הז'נדרמריה ההונגרית, קרפטורוס הייתה חלק ממחוז ז'נדרמריה ((Kerületi csendőrség קאשא (Košice), שמספרו היה VIII. במונקץ' מוקם המטה של מחלקת החקירות הידועה לשמצה של הז'נדרמריה בטירת קונר (Kohner), לשעבר בבעלותה של משפחה יהודית עשירה ומכובדת מאוד באזור. הטירה שימשה, למעשה, כבית-סוהר בשנות המלחמה, וכן מטה לחקירות המזעזעות, שרבים מיהודי העיר והאזור עברו שם – בשל חשד כזה או אחר, או על-מנת לסחוט מהם מידע על כספם ורכושם.
גוף נוסף, שגם אנשיו היו שותפים לפעילות האנטי-יהודית בקרפטורוס, היה הקמלהאריטאס (Katonai Kémeleháritás) – ארגון צבאי של הריגול הנגדי. גם המנגנון האזרחי היה שותף מלא לפעילות האנטי-יהודית בעיר.
הכובשים ההונגרים החלו במהרה לנשל את היהודים מעסקיהם ולגזול את רכושם. כל מוסד יהודי נפגע, וכל פעילות יהודית הייתה נתונה בסכנה. גם חיי היהודים היו נתונים להפקר כבר מימי הכיבוש הראשונים, ופגיעות ביהודים ברחוב נהיו מהר מאוד דבר שבשגרה. יהודים דתיים בעלי זקנים, באופן מובן רוב הגברים היהודים בקרפטורוס, סבלו במיוחד מהתעללות פומבית. אנשי הז'נדרמריה ההונגרית בלטו במיוחד באכזריותם. בנוסף לכך, גברים יהודים רבים גויסו לפלוגות העבודה של הצבא ההונגרי ((munkaszolgálatos במחנות העבודה (munkatáborokban). שם, במקרים רבים, נרצחו על-ידי ההונגרים או הגרמנים, או מצאו את מותם בדרכים אחרות. חסרונם העצים, כמובן, עוד יותר את המצוקה הכלכלית. גם בתקופה זו ארגון הג'וינט עשה ככל יכולתו על-מנת להקל את מצוקתם של יהודי קרפטורוס. הוא סיפק חלב וארוחות לילדים, הקים בתי תמחוי ברחבי החבל, סייע במזומנים לפליטים יהודים, הקים סדנאות ללימוד מקצועות מבוקשים כדי לשפר את אופציות התעסוקה של היהודים, ואף סייע בהעברת כספי תמיכה לישיבה במונקץ'.
עם ביתורה הסופי של צ'כוסלובקיה על-ידי גרמניה במרס 1939, ולאחר-מכן עם פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, קרפטורוס הוצפה בזרם של פליטים יהודים מהמחוזות הצ'כים לשעבר של בוהמיה, מורביה וסלובקיה – וגם מפולין. במקרים רבים, ההנהגה הרשמית של הקהילות היהודיות בקרפטורוס לא הצליחה להתמודד עם השינויים המהירים ומשמעותם, ולעתים הקהילות אף מצאו את עצמן ללא הנהגה, אשר פוזרה על-ידי ההונגרים. כך נוצר צורך בגורמי הנהגה חלופיים, וצורך זה קיבל מענה, לפחות באופן חלקי, על-ידי אנשי התנועות הציוניות בחבל, בעיקר מקרב אנשי תנועות הנוער. ואכן, הפעילים הציונים היו מעורבים בסיוע הדחוף לפליטים היהודים הרבים בקרפטורוס, החל מהחבאתם, זיוף מסמכי זיהוי הונגריים עבורם, ועד העברתם לבודפשט (Budapest), ששם היה קל יותר לפליט לא לבלוט. ההונגרים הגבילו באופן חמור מאוד את הפעילות הציונית בקרפטורוס, והחל מקיץ 1940 הם אסרו לחלוטין את פעילות התנועות הציוניות השונות. אי לכך, פעילות תנועות הנוער השונות נאלצה להמשיך מאותה עת בתנאי מחתרת.
גורם נוסף אשר פגע אף הוא בפעילות הציונית בתקופה זו היה טמון בבריחה מהאזור של רבים ממנהיגי התנועות הציוניות מיד, או סמוך מאוד, לכיבוש ההונגרי. במקרים רבים דבר זה היה כמעט מחויב המציאות, כמו במקרה של ד"ר חיים קוגל, שכן סכנה גדולה במיוחד ריחפה על ראשיהם של המנהיגים הציונים. אולם, היו מקרים שמנהיגים אלו יכלו להישאר, גם במחיר של ירידה למחתרת, אך בחרו לנצל את מעמדם ולהשיג סרטיפיקטים לעלייה לארץ-ישראל. עניין זה בא לידי ביטוי ברור, למשל, בהתכתבות בין מנהיגי הנוער-הציוני בחבל להנהגה הראשית בא"י. ללא קשר למידת הביקורת שעשויה להיות בנוגע לכך, אין ספק שעניין זה השאיר את התנועות הציוניות בקרפטורוס ללא חלק משכבת ההנהגה העיקרית, דווקא בזמן שפעילותם הייתה הכי נחוצה. בנוסף לכך, גם חילוקי הדעות והסכסוכים הרבים בין התנועות הציוניות בקרפטורוס – למרכזים שלהם בבודפשט, ובינן לבין עצמן, הקשו מאוד על עבודתן. מאבק מר במיוחד בתוך תנועת "החלוץ" היה קיים בין אנשי "השומר הצעיר" בבודפשט לאנשי "החלוץ הצעיר" בקרפטורוס.